枝条含水量达到标准后，捞出放入塑料筐沥水后拌料装袋。也可以使用纯麸皮加上1%石膏，0.5%磷酸二氢钾和适量石灰调节pH，再加水预湿即可，使用俩个配方中的任何一个配方都要将含水量调到60%～65%。灭菌、接种与培养灭菌分为常压灭菌100℃、15h和高压灭菌126℃、2h，两种灭菌方式。接种后放在暗光、温度20～25℃，空气相对湿度为70%左右的环境培养，其间适度通风。
枝条菌种通常指的是用竹签、木条等材料来制作的三级种，是平菇、木耳等常规食用菌常见的菌种。枝条菌种具有萌发快，接种方便、快捷的特点，整个接种过程不需要全开袋口，培养基暴露的时间短，这样不仅提高了接种效率，还降低了污染率。同时接种后，枝条深入培养基内部，菌种从上、中、下多点萌发，菌丝从里向外呈立体辐射状蔓延，满瓶、满袋时间可提早5～7 d，提高了出菇同步性。
枝条选择选择边材多、心材少、皮厚、营养丰富、韧皮部与木质部结合紧密的树木，如栗树、梧桐、杨树等木材均是比较好的选择。枝条长度由种木和栽培袋大小而定，长度一般 12～15 cm，宽 0.5～0.7 cm，厚 0.5～0.7 cm。也可采用一次性筷子，雪糕棍等材料生产枝条菌种。
枝条的处理准备好的枝条要先让枝条吸足水分，具体可采用以下方法：
（1）浸泡法：将枝条整捆放入1%石灰水中浸泡，水淹没枝条水面距枝条10 cm，然后上用重物压住。一般连续浸泡24 h后检查枝条是否泡透，方法是用锤子把浸泡后的枝条砸开，看有无白心，如有应继续浸泡，如无说明已泡透。若是低温季节，浸泡时间还需相应延长至36 h，使枝条含水量达到60%，达不到此要求的可煮枝条补水。枝条含水量达到标准后，捞出放入塑料筐沥水后拌料装袋。
（2）水煮法：先将量好的水倒入大锅内，再将葡萄糖、磷酸二氢钾、硫酸镁（配方：100 kg水加葡萄糖1 kg，磷酸二氢钾0.5 kg，硫酸镁0.15 kg）溶解于水中，将枝条倒入锅内，加热煮沸30～40 min，随机从锅内抽取数根枝条，用锤子砸开枝条观察枝条吸收营养液的情况，煮沸到枝条无白心为止，再捞出沥水。
辅料的制备与枝条菌种的制作辅料主要是填充在枝条间隙，以补充营养，利于菌丝定殖，添加量以30%为宜。辅料可以采用棉籽壳（木屑）75%，麸皮20%，石膏1%，石灰1%（石灰要根据实际情况进行调整将pH调到8-9即可）。将原料预湿拌匀即可。也可以使用纯麸皮加上1%石膏，0.5%磷酸二氢钾和适量石灰调节pH，再加水预湿即可，使用俩个配方中的任何一个配方都要将含水量调到60%～65%。
辅料准备完成后，将枝条和辅料混拌，让枝条表面沾上辅料，即可装袋。
枝条装袋选17 cm×33 cm×（0.005～0.007）cm聚丙烯塑料袋，每袋装枝条85～100根。装袋时先在袋底部垫放2 cm厚辅料，然后放入枝条，沿袋壁用辅料填实，再在枝条顶部盖少量辅料，以覆盖枝条为宜，也称之“过桥”。装料结束后套上颈圈，塞上棉塞或塑料，装入筐中灭菌。
灭菌、接种与培养灭菌分为常压灭菌100℃、15 h和高压灭菌126℃、2 h，两种灭菌方式。灭菌后待料温降到25℃以下，按无菌操作接种，一般情况下，一支母种可以接5袋枝条种。
接种后放在暗光、温度20～25℃，空气相对湿度为70%左右的环境培养，其间适度通风。由于枝条培养基的通气性好，菌丝生长迅速，培养时间比常规料缩短4-7天。
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