1859年11月达尔文经过20多年研究而写成的科学巨著《物种起源》终于出版了。在这部书里，达尔文旗帜鲜明地提出了“进化论”的思想，说明物种是在不断的变化之中，是由低级到高级、由简单到复杂的演变过程。《物种起源》是达尔文进化论的代表作，标志着进化论的正式确立。他们群起攻之，诬蔑达尔文的学说“亵渎圣灵”，触犯“君权神授天理，”有失人类尊严。
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概括）物种起源>一书中写作
神学的阻挠，妻子的不支持，艰难的取证过程，自己的犹豫不决，都使他很晚才发表《物种起源》。
在文艺复兴以及思想启蒙之后，现代科学的理性思维已经建立起来。
达尔文的时代是十九世纪中后期，正是走出蒙昧，提倡科学的前一阶段，在思想和理性上，为达尔文创立自然选择进化论提供了思想依据。而青年时的远游，则为他积累了大量的实据，引发了他关于物种进化的思考并最终形成一个完整的体系。不可否认，由于当时科学不太发达，进化论存在理论缺陷，可随着科学的不断进步，进化论已经发展成现代综合进化论了。
其实反对进化论的目的只有一个——引出神。现在这些反对进化论人士已经很隐晦了，不直接说神造，而是智能设计论，可物种如何出现的问题只有两种可能，一是自然演化，一是被创造。即使我们地球的生命是被外星人创造的，那么外星人从哪儿来依然是一个问题，依然存在是进化还是被创造的问题，因此，考虑宇宙中的生命，依然只存在自然演化与被创造两种可能。
否定了进化，即自然而然地引出了创造者，如果创造者是外星人，那么这个问题没有得到根本解决，因此，最终只有引出神造，才是根本目的，神在宗教那里是不需要被创造的，这也是为什么反进化论者基本上为宗教人士的原因，而创世说无论以何种名义作掩饰，都不会为科学研究增添丝毫有价值的东西。
达尔文又随船横渡太平洋，经过澳大利亚，越过印度洋，绕过好望角于1836年10月回到英国。在历时五年的环球考察中，达尔文积累了大量的资料。回国之后，他一面整理这些资料，一面又深入实践，同时，查阅大量书籍，为他的生物进化理论寻找根据。1842年，他第一次写出《物种起源》的简要提纲。1859年11月达尔文经过20多年研究而写成的科学巨著《物种起源》终于出版了。在这部书里，达尔文旗帜鲜明地提出了“进化论”的思想，说明物种是在不断的变化之中，是由低级到高级、由简单到复杂的演变过程。
这部著作的问世，第一次把生物学建立在完全科学的基础上，以全新的生物进化思想，推翻了“神创论”和物种不变的理论。《物种起源》是达尔文进化论的代表作，标志着进化论的正式确立。
《物种起源》的出版，在欧洲乃至整个世界都引起轰动。它沉重地打击了神权统治的根基，从反动教会到封建御用文人都狂怒了。他们群起攻之，诬蔑达尔文的学说“亵渎圣灵”，触犯“君权神授天理，”有失人类尊严。
